Уголовно-исполнительная система в целом и учреждения Томской области в настоящее время находятся в стадии реформирования. Сейчас большое внимание ФСИН России уделяет соблюдению прав лиц, содержащихся в Следственных изоляторах. Прежде всего, соблюдению норм санитарной площади (4 кв.м на человека) и улучшению условий содержания.
В Томском СИЗО-1 идет строительство нового 4-этажного корпуса, рассчитанного на 350 мест. Сдача планируется в конце 2013 года. В остальных корпусах и медико-санитарной части сделан капитальный ремонт, оборудованы «кабины приватности», в соответствии с новыми требованиями ЕСПЧ (Европейский суд по правам человека). По словам начальника СИЗО-1 Виктора Пастушенко, условия содержания подозреваемых и подследственных в последнее время значительно улучшились.